Nagahama sijaitsee historiallisen Hokuriku-kaidō-tiereitin varrella, ja asutus alueella onkin vanhaa. Nykyinen kaupunki sai kuitenkin alkunsa vuonna 1574, kun Toyotomi Hideyoshi rakensi uudelleen siellä sijainneen vanhan linnan ja vaihtoi paikkakunnan nimen Nagahamaksi. Hetken aikaa se kehittyi linnanaluskaupunkina. Edo-kaudella siitä tuli Hikonen daimiokunnan satama- ja kauppakaupunki. Eräs perinteinen elinkeino on kreppikankaan (chirimen) kudonta, joka alkoi jo 1700-luvun puolivälissä. Tekstiiliteollisuuden lisäksi kaupunkiin on sijoittunut monipuolista tuotantoa, kuten bio-, lasi-, muovi- ja koneteollisuutta, ja se onkin alueensa paikallinen kauppa- ja teollisuuskeskus. Maaseutualueilla viljellään riisin lisäksi esimerkiksi soijaa, vehnää ja koristekukkia. Kaupunkioikeudet osana Japanin nykyistä kunnallishallintoa Nagahamalle myönnettiin laajan kuntaliitoksen yhteydessä vuonna 1943. Kaupunki laajeni huomattavasti vuonna 2006, kun siihen liitettiin Azain ja Biwan maaseutukaupungit, sekä jälleen vuonna 2010, kun siihen liitettiin Kinomoton, Kohokun, Nishiazain, Takatsukin, Torahimen ja Yogon maaseutukaupungit.[4][5]
