Vaikka Marner oli saanut tarjouksen Michiganin yliopistolta, hän siirtyi OHL:nLondon Knightsiin, joka varasi hänet ensimmäisellä kierroksella vuoden 2013 varaustilaisuudessa. Hän pelasi Knightsissa vahvan tulokaskauden: hän teki 59 pistettä 64 pelissä ja oli ehdokas Travis Konecnyn voittaman OHL:n vuoden tulokkaan palkinnon saajaksi.
Kaudella 2014–2015 Marner oli liigan pistepörssin toinen Erie Ottersissa pelanneen Dylan Stromen jälkeen. Marner nimettiin OHL:n ensimmäiseen tähdistökentälliseen.
Marner pelasi ensimmäisen ottelun NHL:ssäMaple Leafsin kokoonpanossa 12. lokakuuta 2016. Ensimmäisen maalinsa NHL:ssä hän teki toisessa pelissään Boston Bruinsia vastaan 16. lokakuuta 2016[1] Marner solmi syyskuussa 2019 Toronton kanssa kuuden vuoden mittaisen jatkosopimuksen, joka on arvoltaan 65 miljoonaa dollaria.[2]
Marner pelasi ensimmäisen maajoukkuetason pelinsä Ivan Hlinkan muistoturnauksessa vuonna 2014. Kanadan joukkue voitti turnauksessa kultaa. Marner oli yhdessä Mathew Barzalin kanssa Kanadan joukkueen paras pistemies. Vuoden 2017 MM-kisoissa Marner oli hopealle sijoittuneen Kanadan toiseksi paras pistemies tehoilla 4+8=12.