Mišustin opiskeli systeemi-insinööriksi Moskovan valtion teknologisessa Stankin-yliopistossa vuoteen 1989 asti[1] ja väitteli vuonna 2010 taloustieteiden tohtoriksi aiheenaan omaisuusverotuskäytäntöjen kehittämisen strategia. Hän työskenteli virkailijana verohallinnossa vuodesta 1998, sen jälkeen yrittäjänä ja palasi uudelleen verohallintoon vuonna 2010. Veroviraston johtajana hän edisti digitaalisten palveluiden käyttöönottoa.[2]