Metal Gear Solid: Special Missions on Metal Gear Solid -pelin lisäosa, joka sisältää Solid Snaken läpikäymiä Virtual Realition -harjoitustehtäviä. Kuten "Virtual Realition" vihjaa, harjoitukset suoritetaan virtuaalisessa keinotodellisuudessa.
Special Missions sisältää neljä eri osiota:
Sneaking Missions: Snaken on selvitettävä tiensä maaliin vihollisen huomaamatta. Mahdollisuutena on myös "Eliminate All" -tila, jossa Snaken pitää tappaa kaikki vartijat läpäistäkseen harjoituksen.
Weapon Mode: Snaken täytyy tuhota määräajassa kaikki maalitaulut eri aseilla. Pelitilaa on mahdollista harjoitella myös ilman aikarajaa.
Advance Mode: Snaken täytyy tappaa määräajassa kaikki vartijat eri aseilla. Pelitilaa on mahdollista harjoitella myös ilman aikarajaa.
Special Mode: Pelitila sisältää useita erilaisia, joskus huumoripitoisiakin tehtäviä. Näitä ovat esimerkiksi vihollissotilaiden tuuppiminen kuiluihin, jättikokoisia vihollissotilaita vastaan taisteleminen sekä Mysteeri-pelitila, jossa Snaken on selvitettävä murhia erilaisten vihjeiden avulla.