Entisen Liettuan tasavallan valtionalue ja Liettuan sosialistisen neuvostotasavallan alue jakautui näin neljään aluekomissariaattiin (saks.Gebietskommissariat): Kaunasin (saks.Gebietskommissariat Kauen, Panevėžysin (saks.Gebietskommissariat Gebietskommissariat Ponewesch), Šiauliain (saks.Gebietskommissariat Gebietskommissariat Schaulen) ja Vilnan aluekomissariaattiin (saks.Gebietskommissariat Gebietskommissariat Wilna). Niiden päähallintopaikat olivat kaupunkiensa nimien mukaiset.