Kyrönjoen pääuoman vedestä poiketen Kauhajoen vesi ei ole yhtä tummaa. Veden happamuus pysyy tavallisesti välillä 5,5–7,5. Joessa on tavattu haukia, ahvenia, pikkunahkiaisia, kivisimppuja, mateita ja purotaimenia. Jokeen on lisäksi istutettu purotaimenia. Kauhajoella harjoitetaan muun muassa perho- ja uistinkalastusta.[3]
Viime vuosien aikana Kauhajoen keskustassa ja Hyypänjokilaaksossa on havaittu joen kasvavan umpeen, veden virtaaman olevan olematonta ja kortteikot ovat lisääntyneet. Syitä tähän on monia, mutta esimerkiksi patojen vaikutus, kuivat kesät sekä ojitukset ovat oleellisimpia. Myös Hyypässä sijaitsevan Pahalähteen vedenotto on yksi mahdollinen syy. Kesäisin Hyypänjokilaaksossa joessa on alkanut olla vettä vain hyvin vähän vedenoton alettua. Lisäksi virtaamasuuntaa ei aina edes voi havaita. Myös joenuoma on pienentynyt ja haukia on saapunut taimenten asuinsijoille.[6]