Liliuksen vanhemmat olivat komissiomaanmittari Natanael Lilius ja Maria Elisabet Gåhlros ja puolisot vuodesta 1838 Katarina Vilhelmina Bohm (k. 1839) ja vuodesta 1852 Matilda Helena von Knorring (k. 1903). Lilius tuli ylioppilaaksi 1824, valmistui filosofian kandidaatiksi 1831 ja vihittiin papiksi 1851. Rovastin arvon hän sai 1856. Liliuksesta tuli Haminan kadettikoulun vt. matematiikan opettaja 1833 ja vakinainen 1838. Tyrvään kirkkoherraksi hän tuli 1853. Lilius oli pappissäädyssä edustaja valtiopäivillä 1863.[1][2]