Karahkanjärvi on suoperäinen, rehevöityvä, mutapohjainen ja matala järvi, joka saa vetensä ympäröiviltä soilta. Myös Valkiainen laskee vetensä leveää suopuroa pitkin Karahkanjärven länsiosaan. Karahkanjärvi laskee Kylmäojaa pitkin etelään Vepsänjokeen ja edelleen Kiiminkijokeen.
Talvisin järviveden happitilanne on heikko, kevättalvisin vesi on lähes hapetonta.[1] Järven keskisyvyys on noin yksi metri sen pohjaa peittävän humuskerroksen vuoksi. Yleisimmät saaliskalat ovat särki, hauki ja ahven.
Asutus on keskittynyt järven pohjoispuolelle kovan maaperän alueille. Pohjoisrantaa lukuun ottamatta järven rannat ovat suota.
