Presidentti Antanas Smetonan paettua maasta Antanas Merkysistä tuli virkaatekevä presidentti. Päivä Smetonan paon jälkeen Merkys nimitti Paleckisin pääministeriksi. Merkysin luovuttua presidenttiydestä Paleckisista tuli virkaatekevä presidentti. Neuvostoliiton määräyksestä Paleckis perusti Seimasin tilalle Kansan Seimasin. Presidenttiyden jälkeen Paleckisista tuli Liettuan korkeimman neuvoston puheenjohtaja. Tässä virassa hän toimi vuoteen 1967.
Liettuassa Paleckisin presidenttiyttä ei virallisesti ole koskaan tunnustettu, sillä se on perustuslain vastainen. Paleckis hyväksyi Liettuan älymystön ja muun muassa entisen presidentin Merkysin karkottamisen Venäjälle. Vuosina 1940–1953 132 000 liettualaista karkotettiin Siperiaan ja Keski-Aasiaan.