Onganía oli puolustusvoimien komentaja vuodesta 1962, ja auttoi estämään presidentti Arturo Umberto Illiaa vastaan suunnatun sotilasvallankaappauksen. Myöhemmin hän menetti uskonsa järjestelmän toimivuuteen ja kaappasi itse vallan. Hän pyrki elvyttämään taloutta ja toimi siinä autoritäärisesti, lakkautti puolueet ja hajotti kongressin, ottaen sekä lainsäädäntö- että toimeenpanovallan itselleen. Hän yritti riistää myös yliopistoilta niiden autonomian, ja lähetti mellakkapoliisit vastustelevien sopiskelijoiden ja professorien kimppuun. Opiskelijamellakat eskaloituivat ja johtivat lopulta Onganían omaan syrjäyttämiseen. Hänen tilalleen tuli sotilasjuntta.[1]
Onganían suunnitelma Argentiinan vallankumouksesta piti sisällään kolme vaihetta: taloudellinen, hallinnollinen ja poliittinen. Taloudellisessa osassa hän onnistui aloittamaan tai lopettamaan joukon merkittäviä hankkeita, kuten Argentiinan ensimmäisen ydinvoimalan rakentamisen ja pääkaupungin liikennejärjestelyiden parantamisen.[2]