Petruccin ensikosketus kitaraan tapahtui 8-vuotiaana, mutta innostus lopahti pian. 12-vuotiaana hänen ystävänsä Kevin Moore (josta tuli myöhemmin Dream Theaterin kosketinsoittaja) pyysi Petruccia mukaan bändiinsä ja tämä alkoi harjoitella ahkerasti. Petrucci on hyvin pitkälle itseoppinut kitaristi. Hän kehitti aluksi taitojaan matkimalla idoliensa (muun muassa Yngwie Malmsteen, Steve Howe, Steve Morse, Steve Vai, Al Di Meola, Alex Lifeson ja Allan Holdsworth) soittoa ja myöhemmin syvensi ymmärrystään koulutuksella yliopistossa.
Opiskellessaan Berkleen yliopistossa musiikkia ystävänsä John Myungin (basso) kanssa he tapasivat Mike Portnoyn (rummut). He perustivat yhtyeen nimeltä Majesty, josta tuli myöhemmin Dream Theater. Vuonna 1995 Petrucci teki Rock Discipline -nimisen opetusvideon, joka on sittemmin ilmestynyt myös DVD:nä. Hän on soittanut myös yhtyeessä Liquid Tension Experiment sekä useissa muissa projekteissa.
John Petrucci käyttää sekä 6- että 7-kielisiä kitaroita, joista julkaistut signature-mallit ovat olleet hyvin suosittuja fanien keskuudessa. Hänellä on tällä hetkellä yhteistyösopimus Ernie Ballin ja Music Manin kanssa.
Wilson, Rich: Lifting Shadows, s. 392-394. (The Authorized Biography of Dream Theater) Lontoo: Essential Works Limited, 2009. ISBN 978-1-906615-03-1(englanniksi)