12. lokakuuta 1962 Knepper joutui Charles Mingusin tekemän pahoinpitelyn uhriksi. Hän menetti yhden hampaan, minkä lisäksi pasuuna vahingoittui ja seurauksena oli äänialan ylimmän oktaavin menettäminen. Mingus sai teostaan ehdollisen tuomion.[3] Knepper soitti vuosina 1968–1974 Thad Jonesin ja Mel Lewisin orkesterissa.[1] Hän työskenteli 1960–1970-luvuilla myös Gil Evansin ja Lee Konitzin kanssa.[2][1] Vuonna 1977 Knepper palasi Mingusin yhtyeeseen, jossa soitti, kunnes Mingus kuoli vuonna 1979. 1980-luvulla hän työskenteli Mingus Dynasty -yhtyeessä ja American Jazz Orchestrassa.[2] Hän kiersi paljon Euroopassa 1980–1990-luvuilla.[1]
Knepper levytti välillä kokoonpanon johtajana, esimerkiksi albumin Cunningbird[1][2], joka toi hänelle vuonna 1980 Grammy-ehdokkuuden.[4] Knepperillä oli vaimo Maxine ja tytär. Hän kuoli tyttärensä kotona 75-vuotiaana Parkinsonin taudin komplikaatiohin.[2]
