Erottuaan ensimmäisestä avioliitostaan teksasilaisen öljy-yrittäjän Stuart Cramerin kanssa Jean Peters nai miljonääri Howard Hughesin 1957. Liitto, joka oli Hughesin kolmas, kesti vuoteen 1971, mutta pari oli asunut erillään jo vuosia tätä ennen, ja keskustellutkin vain puhelimitse Hughesin erakoiduttua. Jean Peters aktivoitui uudelleen vasta 1970- ja 1980-luvulla esiintyen televisiosarjoissa, kuten Ristin varjossa ja Murhasta tuli totta.
Jean Peters kuoli leukemiaan Kalifornian Carsbadissa vuonna 2000.