Fredrik II ei vaikuttanut alistuvan paavin ehdottomaan ylivaltaan, joten Innocentius pakeni Roomasta vuonna 1244 Genovaan ja Lyoniin, ja palasi Roomaan vasta Fredrikin kuoltua vuonna 1253. Loppuelämänsä hän käytti siihen, että yritti kammeta Fredrikin poikaa Manfredia vallasta.
Mongolivaltakunta käytti hyväkseen tätä valtatyhjiötä ja kävi järjestelmällisesti veristä valloitussotaa Etelä-Venäjällä ja Euroopassa vuodesta 1223 lähtien aina vuoteen 1242 saakka, jolloin mongoliarmeijan eteneminen loppui äkillisesti Wienin liepeille. Vuonna 1245 Lyonin konsiilissa Innocentius katsoi aiheelliseksi lähettää tiedustelijoita ja neuvottelijoita mongolikaanien valtakuntiin. Ainoastaan Güyük-kaani vastasi paavin kirjeeseen, tosin vaatimalla tämän alistumista mongolivaltaan.[2]
Jussi Hanska: Kristuksen sijaiset maan päällä? Paaviuden historiaa apostoli Paavalista Johannes Paavali toiseen. Helsinki: Suomalaisen Kirjallisuuden Seura, 2005. ISBN 951-746-719-2
↑Johannes de Plano Carpini: Mongolien historia: Matka tartarien maahan vuosina 1245–1247. Suomentanut Sami Jansson. Johdanto, viitteet ja kirjeiden suomennos Antti Ruotsala. Helsinki: Gaudeamus, 2003. ISBN 951-662-873-7.