Viisi vuotta sen jälkeen, kun Godzilla kukisti Ghidorah’n[a], Monarch yrittää pitää Kongia myrskyisäksi muuttuneella Pääkallosaarella sijaitsevalla seuranta-asemalla, jotta Godzilla, joka on aina pitänyt Kongin lajia uhkana asemalleen titaanien alfana, ei saapuisi haastamaan sitä. Kongia tarkkailevan tohtori Ilene Andrewsin kuuro adoptiotytär ja iwi-alkuasukasheimon viimeinen eloonjäänyt Jia osaa kommunikoida Kongin kanssa viittomakielellä.
Samaan aikaan Bernie Hayes, Apex Cybernetics -yrityksen työntekijä ja Titaanitotuus-podcastin juontaja suhtautuu työnantajiinsa epäilyttävästi ja murtautuu Apexin tietokantaan Pensacolan laitoksella saadakseen tietoja näiden todellisista suunnitelmista. Yhtäkkiä Bernien ollessa laitoksella Godzilla kuitenkin hyökkää ja tuhoaa laitoksen. Bernien podcastin fani Madison Russell yrittää kertoa tästä isälleen, Mark Russellille, Monarchin varajohtajalle. Mutta Mark ei ota tyttärensä puheita tai Bernien podcastia vakavasti, jolloin Madison ja hänen vastahakoinen ystävänsä Josh Valentine lähtevät etsimään Bernietä, auttaakseen tätä selvittämään totuuden Apexista.
Apexin toimitusjohtaja Walter Simmons sekä teknologiajohtaja Ren Serizawa värväävät Monarchista erotetun Nathan Lindin auttamaan etsimään uudenlaista energialähdettä Ontosta maasta. Nathan on aluksi vastahakoinen, koska Onttoon maahan vievien tunneleiden painovoimainversio oli aikoinaan tappanut hänen veljensä ja muut sinne viimeksi matkustamista yrittäneet retkikuntalaiset. Walter saa hänet muuttamaan mielensä kertomalla Apexin kehittämistä antigravitaatioaluksista nimeltä OMLA (Onton maan lentoajoneuvo).
Nathan suostuttelee Ilenen ja Jian päästämään Kongin opastamaan nämä Onttoon maahan Antarktiksella sijaitsevan etuvartioaseman kautta. Nathan, Ilene, Jia sekä joukko Apexin työntekijöitä johtajanaan Walterin tytär, Maia Simmons, vievät Yhdysvaltain laivaston aluksilla nukutettua ja kahlittua Kongia meren yli. Godzilla aistii Kongin ja hyökkää, melkein tappaen Kongin, ennen kuin alukset sammuttavat virtansa uskotellakseen Godzillalle, että tämä oli jo voittanut. Jotta Godzilla ei hyökkäisi uudestaan, Kong viedään perille Antarktikselle helikoptereilla nostettuna. Jian suostuttelemana Kong menee sisään Onttoon maahan johtavaan tunneliin muiden seuratessa OMLA-alusten avulla.
Madison, Josh ja Bernie tutkivat Apexin Pensacolan laitoksen jäänteitä ja löytävät maanalaisen laitoksen sekä tunnelin, jolla kuljetetaan valtavia mekaanisia osia Apexin pääkonttoriin Hongkongiin. He päätyvät yhteen pääkonttorille vievistä kuljetusaluksista, jonka mukana he kulkeutuvat Hongkongiin. Siellä heille selviää, että Apex käyttää vangittuja pienempiä titaaneja testatakseen Mechagodzillaa, joka on rakennettu nostamaan ihmiskunta titaanien yläpuolelle. Ren ohjaa Mechagodzillaa telepaattisesti Ghidorah’n jäljelle jääneeseen pääkalloon ja hermoverkostoon liitettyjen laitteiden avulla.[b] Mechagodzilla toimii kuitenkin nykyisillä voimanlähteillä vain 40 prosentin teholla, ja Walter uskoo saavuttavansa täyden tehon vain Onton maan energianlähteellä. Godzilla oli hyökännyt Apexin laitoksiin, sillä se oli yrittänyt estää Mechagodzillan rakentamisen.
Ontosta maasta Kong ja retkikunta löytävät samanlaisen ekosysteemin kuin Pääkallosaarelta. Kong löytää lajinsa muinaisen valtaistuinsalin sekä hohtavateräisen kirveen, joka on tehty Godzillan lajitoverin ruumiista. Ilenen vastusteluista huolimatta, Maia kerää näytteen Onton maan energianlähteestä ja lähettää analyysin siitä Renille sen tuottamiseksi synteettisesti. Godzilla selvittää tiensä Hongkongiin Mechagodzillan käynnistymisen seurauksena ja aistii tämän lisäksi myös maan alta Kongin. Godzilla poraa radioaktiivisella tulellaan aukon maan läpi Onttoon maahan ja kaaoksen keskellä Maia ja Apexin työntekijät yrittävät paeta, mutta Kong murskaa heitä kuljettavan OMLA:n. Kong nousee pinnalle taistelemaan Godzillaa vastaan, Ilenen, Jian ja Nathanin tullessa perässä viimeisellä jäljellä olevalla OMLA:lla. Godzilla onnistuu pitkän taistelun päätteeksi voittamaan Kongin, joka menettää tajuntansa.
Apexin turvallisuusjoukot saavat Madisonin, Joshin ja Bernien kiinni, ja Renin varoituksista huolimatta Walter käskee ladata syntetisoidun energian suoraan Mechagodzillaan tutkimatta sitä ensin. Energia saa Ghidorah’n mielen jälleen heräämään sekä valtaamaan Mechagodzillan uudeksi kehokseen. Mechagodzilla tappaa Walterin, antaa Renille tappavan sähköiskun, ja alkaa tuhota Hongkongia. Godzilla taistelee sitä vastaan, mutta jää alakynteen, jolloin Nathan elvyttää Kongin käyttämällä OMLA:a defibrilaattorina ja Jia suostuttelee Kongin auttamaan Godzillaa. Edes yhdessä Godzilla ja Kong eivät näytä pärjäävän Mechagodzillalle, jonka ohjausjärjestelmään Josh yrittää murtautua taistelun käydessä. Kun vaihtoehdot alkavat käydä vähiin, Josh keksii kaataa Bernien viskipullon sisällön ohjauslaitteiden päälle, minkä seurauksena Mechagodzilla pysähtyy hetkeksi, jolloin Godzilla lataa tulellaan Kongin kirveen ja Kong onnistuu tuhoamaan Mechagodzillan.
Madison, Josh ja Bernie löytävät tiensä Markin ja muiden Monarchin tutkijoiden luokse, Godzillan ja Kongin tunnustaessa toistensa arvoisuudet ennen erkaantumistaan omille teilleen. Monarch perustaa Onttoon maahan uuden seuranta-aseman ja Kong asettuu asumaan Ontton maahan.
Godzilla vs. Kong julkaistiin koronaviruspandemian vuoksi Yhdysvalloissa samanaikaisesti sekä elokuvateattereihin että HBO Max -suoratoistopalveluun 31. maaliskuuta 2021.[4]Warner Bros. Pictures vastaa sen maailmanlaajuisesta julkaisusta,[5] paitsi Japanissa, jossa levityksestä vastaan Tōhō.[6][7] Elokuvan edellisiä suunniteltuja ensi-iltapäivämääriä ovat olleet 29. toukokuuta, 22. toukokuuta, 13. maaliskuuta 2020, 20. marraskuuta 2020 ja 21. toukokuuta 2021.[8][9][10][11][12]
