Müller syntyi Saksin osavaltiossaItä-Saksassa 1948. Hän muutti vanhempiensa mukana Länsi-Saksaan 1955. Rikollisuransa hän aloitti nuorisorikollisena ja hänet tuomittiin vuoden vankeuteen useista eri rikkomuksista. Vapauduttuaan hän teki hanttihommia ja myöhemmin osallistui kommunistien opiskelijajärjestötoimintaan.
Müller liittyi punaiseen armeijakuntaan 1971. Hänet vangittiin yhdessä Ulrike Meinhofin kanssa 15. kesäkuuta 1972. Hän toimi todistajana Punaisen armeijakunnan ns. Stammheimin oikeudenkäynnissä. Mahdollisesti siitä syystä hänet itsensä vapautettiin syytteestä, jonka mukaan hän oli murhannut tai osallistunut pidättävän poliisimiehen murhaan lokakuussa 1971. Maaliskuussa 1975 hänet tuomittiin 10 vuoden vankeuteen ja hän vapautui 6 ja puolen vuoden jälkeen. Hän muutti todennäköisesti Yhdysvaltoihin.