Uransa alkuvaiheessa 1960-luvulla Battiato julkaisi erinäisiä singlejä, joiden menestys jäi heikoksi. Kahdella ensimmäisellä single-julkaisullaan ("L'amore è partito" / "È la fine" ja "Prima o poi" / "E più ti amo") hän käytti nimeä Francesco Battiato. 1970-luvun alussa Battiato oli mukana lyhytikäiseksi jääneessä yhtyeessä Osage Tribe, jolta ilmestyi albumi Arrowhead.[4]
Battiaton debyyttialbumi, progressiivista rockia edustava Fetus (1971), antoi suuntaviivoja tuleville albumeille. Vuonna 1978 ilmestynyt instrumentaalialbumi L'Egitto prima delle sabbie per pianoforte voitti Stockhausen-palkinnon. Seuraavana vuonna ilmestyi jälleen laulualbumi, L'era del cinghiale bianco.[2]
Kokeellista 1970-lukua seurasi kaupallisempi vaihe ja yhteistyö Alicen kanssa. Battiaton menestynein albumi, pop-musiikkia edustava La voce del padrone, ilmestyi lokakuussa 1981 ja sitä myytiin yli miljoona kappaletta.[5] Vuonna 1980 ilmestyi uutta aaltoa edustava Patriots, jolla on menestyssävellys "Prospettiva Nevski". Alice levytti "Prospettiva Nevskin" 1985. Battiaton menestyssävellyksistä San Remo -voittaja "Per Elisa" (1981) on niin ikään Alicen tulkitsema, "I treni di Tozeur" (1984), Italian ehdokas Eurovision laulukilpailussa, puolestaan tunnetaan Battiaton ja Alicen duettona.[6]
Battiaton tuotannolle tyypilliset mystiset aiheet – eritoten islamista ammentavat – voimistuivat 1980-luvun albumeissa. Vuonna 1988 ilmestyneessä albumissa Fisiognomica ne olivat lopulta hallitseva aihe. Battiaton ensimmäinen ooppera, Genesi, julkaistiin 1987. Seuraavan vuosikymmenen puolivälissä Battiato teki yhteistyötä filosofi Manlio Sgalambron kanssa, joka sanoitti useat Battiaton säveltämät ja esittämät teokset alkaen albumista L'ombrello e la macchina da cucire (1995).[2] Battiaton viimeinen studioalbumi, Torneremo ancora, ilmestyi 2019. Se kuuluu klassisen musiikin tyylilajiin.