Knilling opiskeli lakia kotikaupungissaan Münchenissä. Vuosina 1912–1918 hän toimi opetusministerinä Baijerin kuningaskunnan hallituksessa. Weimarin tasavallan alkuaikoina hän oli Baijerin parlamentin jäsen. Hänestä tuli osavaltion pääministeri vuonna 1922.
Baijerissa elettiin tuolloin myrskyisiä aikoja. Kommunistit ajoivat osavaltion liittymistä mukaan maailmanvallankumoukseen, äärioikeisto halusi kaapata vallan itselleen, monarkistit ajoivat kuningashuoneen palauttamista ja itävaltalaismieliset halusivat liittää osavaltion Saksan sijasta Itävaltaan. Levottomuudet, väkivaltaisuudet ja poliittiset attentaatit saivat Knillingin julistamaan poikkeustilan ja nimittämään Gustav Ritter von Kahrin valtionkomissaariksi diktaattorin valtaoikeuksin. Kahr perusti kolmihenkisen osavaltiohallinnon, niin sanotun Baijerin triumviraatin.
Adolf Hitlerin johtama kansallissosialistinen puolue yritti kaapata vallan 1923. Hitlerin apuri Rudolf Hess piti Knillingiä vankina vähän aikaa tämän niin sanotun oluttupavallankaappauksen aikana. Natsien yritys kukistettiin, ja puolueen johto tuomittiin vankilaan. Knilling oli kuitenkin uupunut politiikkaan ja erosi pääministerin tehtävistä vuonna 1924.
