21. kesäkuuta 1988 Wamala nimitettiin Kampalan arkkihiippakunnankoadjuuttoriarkkipiispaksi, ja 8. helmikuuta 1990 hänestä tuli sen arkkipiispa. Kardinaaliksi hänet valittiin 26. marraskuuta 1994, jolloin hänet nimitettiin Santo Ugon kardinaalipapiksi. Hän osallistui uuden paavin valintaan vuoden 2005 konklaavissa. Hän toimi Kampalan arkkipiispana, kunnes jäi eläkkeelle 19. elokuuta 2006.[1]