Turussa opiskellessaan Rautala kuului Punainen huone -nimiseen taiteilijaryhmään joka kokoontui säännöllisesti ravintola Pinellan punaisessa huoneessa. Ryhmän muita jäseniä olivat Ragnar Ungern, Santeri Salokivi, Edwin Lydén ja Ilmari Kaijala.
Emil Rautala oli naimisissa vuodesta 1911 Olga Augusta Hildenin kanssa. Heidän tyttärensä Margit Rautala-Kaipainen (1911–1978) oli arkkitehti ja taidemaalari.