Tähän artikkeliin tai sen osaan on merkitty lähteitä, mutta niihin ei viitata. Älä poista mallinetta ennen kuin viitteet on lisätty. Voit auttaa Wikipediaa lisäämällä artikkelille asianmukaisia viitteitä. Lähteettömät tiedot voidaan kyseenalaistaa tai poistaa.
Fischerin isä oli muusikko, joka soitti oboeta Baselin kunnanorkesterissa. Fischer aloitti opinnot Baselin konservatoriossa ja jatkoi niitä myöhemmin Martin Krausen johdolla Berliinissä. Valmistuttuaan Berliinin konservatoriosta vuonna 1905 hänestä tuli saman oppilaitoksen opettaja. Hän toimitti opetuksen ohella Bachin, Mozartin ja Beethovenin teoksia alkuperäiskäsikirjoitusten pohjalta.
Fischer asui Saksassa lähes koko toisen maailmansodan ajan, kuitenkaan ilman että hänellä tiettävästi oli minkäänlaisia natsisympatioita. Liittoutuneiden pommitusten tuhottua hänen kotinsa vuonna 1942 Fischer palasi Sveitsiin ja toimi viimeiset vuotensa opettajana Luzernin konservatoriossa.
Ficher levytti uransa aikana lukuisia teoksia, joista hänen täydellinen Bachin Das wohltemperierte Klavierin levytyksensä on tunnetuimpia, koska se oli myös maailman ensimmäinen koko teoksen levytys.