Wheldon oli naimisissa pitkäaikaisen assistenttinsa Susie Behmin kanssa, ja heille syntyi kaksi poikaa: Sebastian (s. 2009) ja Oliver (s. 2011).
Kuolema
Wheldon menehtyi kauden 2011 viimeisessä kilpailussa, IZOD IndyCar World Championshipissä Las Vegasissa, tapahtuneessa 15 auton joukkokolarissa. Hän törmäsi edellä ajavaan autoon, minkä jälkeen hänen autonsa lähti lentoon ja murskautui lopulta reunavalliin. Myöhemmin sairaalassa Wheldonin todettiin kuolleen saamiinsa vammoihin.[1][2]