Armfeltin vanhemmat olivat tilanomistaja, kreivi Magnus Reinhold Armfelt ja kreivitär Adelaide Gustava Aspasia (Vava) Armfelt ja puoliso vuodesta 1860 Eugenia Palmfelt (k. 1913). Tilanomistaja, valtiopäivämies August Magnus Gustaf Armfelt oli hänen veljensä. Carl Magnus Mauritz Armfelt tuli ylioppilaaksi 1855 ja oli jonkin aikaa maanviljelijä, mutta ryhtyi sitten konepajateollisuuden yrittäjäksi ostettuaan 1866 Turun Rautateollisuus -yhtiön. Armfelt osallistui Turun kunnalliselämään ja tuli tunnetuksi taiteen harrastamisesta ja tukemisesta. Hän sai kamarijunkkarin arvonimen 1881.[1][2][3] Armfelt osallistui aatelissäädyssä valtiopäiville 1863–1864.[4]
Armfelt valittiin Turun kaupunginvaltuustoon vuonna 1875. Hän toimi valtuuston varapuheenjohtajana vuosina 1885–1889 ja puheenjohtajana vuoden 1889 loppupuolella.[5]
Arkkitehti, valtiopäivämies Carl Eugen Armfelt oli Carl Magnus Mauritz Armfeltin poika.[6]