Vuonna 2004 Mikael Åkerfeldt jätti yhtyeen voidakseen keskittyä enemmän Opethiin ja hänen korvaajakseen yhtyeeseen liittyi Peter Tägtgren (Hypocrisy, Pain). Kokoonpanoon liittyi myös Martin Axenrot (Witchery, Satanic Slaughter, Opeth), minkä myötä Dan Swanö vaihtoi rummuista kitaraan. Tällä kokoonpanolla yhtye julkaisi vuonna 2004 toisen albuminsa, Nightmares Made Fleshin.
Helmikuussa 2005 Tägtgren jätti yhtyeen aikatauluongelmien vuoksi. Åkerfeldt palasi yhtyeeseen samana vuonna esiintyäkseen yhtyeen kanssa SaksanWacken Open Air -festivaaleilla. Esiintyminen kuvattiin ja se julkaistiin DVD:nä sekä levynä vuonna 2008 nimellä "Wacken Carnage". Julkaisun jälkeen Åkerfeldt jätti yhtyeen kertaalleen.[1] Syyskuussa 2005 Bloodbath aloitti uuden laulajan etsinnän.
Elokuussa 2006 Swanö erosi yhtyeestä musiikillisten erimielisyyksien vuoksi. Maaliskuussa 2007 yhtye ilmoitti julkistavansa uuden kokoonpanon lähiaikoina ja julkaisevansa mini-cd:n loppukesästä.
Tammikuussa 2008 Mikael Åkerfeldt palasi jälleen laulajaksi ja samalla yhtyeeseen liittyi Per Eriksson. Tällä kokoonpanolla yhtye nauhoitti ja julkaisi Unblessing the Purity -EP:n, sekä kolmannen pitkäsoittonsa, The Fathomless Masteryn.
Huhtikuussa 2012 Åkerfeldt jätti yhtyeen lopullisesti.[2] Syksyllä 2014 Bloodbath ilmoitti Nick Holmesin liittyneen yhtyeeseen laulajaksi. Holmes tunnetaan parhaiten Paradise Lost -yhtyeen laulajana.[3]
Yhtye on esiintynyt Suomessa neljästi: Pellavarock-festivaaleilla vuonna 2008, Tuska-festivaaleilla vuosina 2010 ja 2015 ja Nummirockissa vuonna 2019.