Autojuna on matkustajajuna, jossa voi kuljettaa myös matkustajien autoja. Autojunassa on päivä- ja makuuvaunujen ohella autonkuljetusvaunuja, joihin autot lastataan matkan ajaksi. Autoissa oleskelu matkan aikana on yleensä kielletty, mutta esimerkiksi Kanaalin tunnelin Le Shuttle -autojunassa oleskellaan omassa autossa matkan ajan. Joissakin maissa matkustajien autot saatetaan kuljettaa perille eri junalla kuin matkustajat. Autojunatoiminta on vähentynyt tai loppunut kokonaan monissa maissa 2000-luvun vaihteen molemmin puolin moottoritieverkoston jatkuvasti kehittyessä. Myös lentomatkustus ja autonvuokraus ovat kilpailijoita oman auton mukaanotolle.

Rautateiden alkuvuosina 1900-luvun taitteessa brittiläiset ja irlantilaiset rautatieyhtiöt harjoittivat vauraan väen hevosvankkureiden kuljetusta isäntiensä mukana junissa muun muassa Skotlantiin ja Rivieralle. Suurin tarve tällaiselle palvelulle oli sotilasajoneuvoilla. Sveitsissä rautatieyhtiöt alkoivat 1900-luvun alkuvuosikymmeninä, ennen kuin maantietunneleita juuri oli, tarjota autojenkuljetuspalvelua Alppien ali louhittujen Simplonin ja Gotthardin rautatietunneleiden läpi, ja pian palvelua tarjosivat myös Itävallan ja Italian kansalliset rautatieyhtiöt omissa tunneleissaan.^[1]

Länsi-Euroopassa autojunatoimintaa Pohjois-Saksan ja Välimeren rannikon välillä oli jo 1960-luvun alussa, ja Ruotsissakin se alkoi kesäkuukausina Tukholman ja Malmön välillä vuonna 1961^[2]. Autojunatoiminta Ruotsissa loppui 1990-luvun alussa^[3], mutta 2020-luvun taitteessa sen jatkamisesta alettiin taas keskustella ympäristösyistä käyttäen esimerkkeinä Saksan ja Suomen autojunia^[4].

Suomessa autovaunuja on etelän ja pohjoisen välillä kulkevissa yöjunissa^[5]. Henkilö- tai pakettiautonsa voi lastata junaan vain asemilla, joille on rakennettu erityinen autojunan lastausramppi. Tällainen ramppi on Etelä-Suomessa Helsingissä (Pasilan autojuna-asema), Tampereella ja Turussa sekä Pohjois-Suomessa Oulussa, Rovaniemellä, Kemijärvellä ja Kolarissa^[6]. Suosituimmat autojuna-asemat ovat Pasila ja Rovaniemi^[5]. Aiemmin autojunalla pääsi myös Kainuuseen Kontiomäen rautatieasemalle^[7].

Autojunatoiminta sai Suomessa alkunsa toukokuussa 1968, jolloin ensimmäiset henkilöautot lähtivät junamatkustajien ”matkatavarana” Pasilan konepajalla valmistetulla neliakselisella, pikajunaan kytketyllä kuljetusvaunulla Helsingistä Kemiin^[8].

Autojunat kulkevat lähinnä joulu- ja hiihtolomasesonkien aikana talvisin^[7]. Nykyisin palvelua on laajennettu muun muassa Lapin syysruskan viikoille^[9].

Kanaalin tunnelissa sekä Alppien rautatietunneleissa liikennöi runsaasti autojunia. Englannin kanaalin alittavissa LeShuttle-junissa automatkustajat pysyvät autoissaan, mutta voivat jaloitella tasalattiaisissa autovaunuissa, joissa on WC:t muttei muita palveluita. Junan autovaunuihin otetaan myös rekkoja ja jopa kaksikerroksisia busseja.^[10][11]

Saksassa autojunat ovat olleet kaikkein suosituimpia, ja niillä on päässyt sieltä pisimmillään Espanjaan ja Italiaan. Vuoteen 2016 asti autojunaliikennettä hoiti valtiollinen Deutsche Bahn, kunnes se siirtyi osin Itävallan junayhtiölle ÖBB:lle (linjat Hampuri–Wien ja Hampuri–Innsbruck) ja osin yksityiselle Bahn Touristik Express -yhtiölle (linja Hampurista Saksan lounaiskulman Lörrachiin).^[12] Lisäksi yksityinen Urlaubs-Express hoitaa kesäisin autojunalinjaa Düsseldorfista Italian Veronaan^[13].

Ranskassa SNCF-rautatieyhtiö hoiti autojunayhteyksiä Pariisista Avignoniin, Marseilleen, Touloniin, Saint-Raphaëliin ja Nizzaan 60 vuoden ajan, kunnes palvelu lakkautettiin joulukuussa 2019^[13].

Australiassa autojunapalvelua tarjotaan itä-länsisuuntaisella Indian Pacific -reitillä (Adelaide–Perth) ja etelä-pohjoissuuntaisella The Ghan -reitillä (Adelaide–Darwin) halki mantereen^[14].

Yhdysvalloissa yksityinen Auto-Train Corporation alkoi vuonna 1971 tarjota autojunapalvelua liittovaltion pääkaupungista Washingtonista Floridaan kanadalaisilla Autorack-vaunuilla, joista Kanadassa oli jo pidempi käyttökokemus. Palvelu laajeni 1974 toiselle reitille, jonka lähtöpiste oli Louisville Kentuckyssa. Suosiosta huolimatta toiminta ei kannattanut ja yritys teki konkurssin 1981, mutta Amtrak-yhtiö elvytti itärannikon linjan onnistuneesti vuonna 1983, ja se toimii yhä^[1][15].