Ashikaga-shōgunaatin alkupuolella Japani jakautui eteläiseen ja pohjoiseen hoviin. Shōgunaatin jälkipuoliskolla maan hallinto oli entistä hajanaisempaa etenkin Ōnin-sodan (1467–1477) jälkeen. Ashikaga-kauden merkittäviin tapahtumiin kuului portugalilaisten saapuminen Japaniin ensimmäisinä eurooppalaisina vuonna 1543, mitä seurasi myös jesuiittojen tulo maahan. Heidän myötään kristinusko alkoi levitä Japanissa. Samalla kuitenkin epäluulo ulkomaisia vaikutteita kohtaan kasvoi. Levottomuuksien leimaama myöhäinen Ashikaga-kausi päättyi vuonna 1573, kun daimio Oda Nobunaga kukisti viimeisen Ashikaga-shōgunin.[2]