Avioliiton alussa Jaakko ja Anna olivat läheisiä, mutta suhteet viilenivät ajan myötä. Anna oli kasvatettu luterilaiseksi mutta kääntyi katoliseksi pian Skotlantiin tultuaan.
Aviomiehensä noustua myös Englannin valtaistuimelle Anna kruunattiin Englannin kuningattareksi 1603Westminster Abbeyssä. Siihen mennessä kolme hänen lapsistaan oli jäänyt eloon; keskenmenoja ja kätkytkuolemia oli ollut useita. Heidän toisesta pojastaan tuli kuningas Kaarle I.