Ampumahiihdon maailmancup 1999–2000 alkoi 2. joulukuuta Itävallan Hochfilzenista ja päättyi 19. maaliskuuta Venäjän Hanti-Mansijskiin.
Ohjelmaan kuului yhdeksän kilpailuviikonloppua, sekä MM-kilpailut. Miesten viestin maailmanmestaruuskilpailu siirrettiin kuitenkin sumun vuoksi Lahden kilpailuviikonlopun yhteyteen.