Mäkelän ensimmäinen ohjaus oli vuonna 1988 valmistunut televisioelokuva Uimataidoton, jonka pääosia esittivät Samuli Edelmann, Santeri Kinnunen ja Niko Saarela. Heistä tuli myöhemmin Mäkelän luottonäyttelijöitä yhdessä Kari Hietalahden ja Juha Veijosen kanssa. Mäkelän seuraava ohjaustyö oli vuonna 1989 televisioon valmistunut road movie1249 km, jossa näytteli samoja näyttelijöitä kuin Mäkelän esikoisohjauksessa.
Seuraavana vuonna valmistui televisioelokuva Olinkin jo lähdössä, jota seurasi Mäkelän ensimmäinen täyspitkä elokuva Romanovin kivet. Elokuvan tuotti Spede Pasanen. Toimintaelokuva laman aikaisessa Suomessa maksoi runsaat viisi miljoonaa markkaa,[lähde? ] ja se sai ensi-iltansa 26. marraskuuta1993 Helsingissä. Paul Jyrälä voitti elokuvasta Jussin parhaasta äänisuunnittelusta.
Vuosina 1994–1995 Mäkelä ohjasi Vintiöt- ja Shampanjaa ja vaahtokarkkeja -televisiosarjat. Vuonna 1994 hän ohjasi toisen kokopitkän elokuvansa Esa ja Vesa – auringonlaskun ratsastajat kolmen miljoonan markan budjetilla. Elokuva sai useita Jussi-palkintoja: Juha Veijonen voitti parhaan miespääosan Jussin ja Mäkelä ensimmäisen ohjaus-Jussinsa[3]. Elokuvan tuotti Mäkelän tuleva työllistäjä Markus Selin.
Kahden kokopitkän elokuvan jälkeen Mäkelä ohjasi Häjyt (1999). Elokuvan tekeminen maksoi kuusi miljoonaa markkaa ja jäi suurmenestyksestä huolimatta lipputuloissa tappiolle.[lähde? ] 327 000 suomalaista kävi katsomassa elokuvan teattereissa.[lähde? ] Elokuva sai seitsemän Jussi-ehdokkuutta, voittaen niistä yhden (Kalevi Haapoja, paras miessivuosa).
Lomalla-elokuva valmistui vuonna 2000. Mäkelän ohjauksessa nähtiin vanhat tutut näyttelijät, joista Outi Mäenpää palkittiin Jussi -palkinnolla parhaasta naispääosasta.
Mäkelän ohjaamasta Pahat pojat -elokuvasta (2003) tuli yksi kaikkien aikojen suurimmista kotimaisista katsojamenestyksist: sen näki teattereissa yli 614 000 katsojaa.[4]Pahat pojat keräsi lopulta viisi Jussi-ehdokkuutta ja kaksi voittoa (Paras kuvaus ja paras äänisuunnittelu).
Vuonna 2006 Mäkelä julkaisi toistaiseksi suurimman menestyselokuvansa Matin, joka perustui mäkihyppääjä Matti Nykäsen elämään. Elokuva teki historiaa keräten huikeat katsojamäärät vasta muutamassa päivässä ja rikkoen useita ennätyksiä.[lähde? ] Mäkelä vahvisti elokuvalla paikkansa suurien suomalaisten kaupallisten ohjaajien joukossa.
Mäkelä ohjasi lokakuussa 2011 elokuvateattereihin ilmestyneen Kotirauha-elokuvan.
Vuonna 2013 ilmestyi Mäkelän 11. elokuva Kaappari, joka perustuu liikemies Aarno Lamminpartaan vuonna 1978 aseella uhaten tekemään lentokonekaappaukseen. Pääosaa elokuvassa näyttelee Kari Hietalahti.
Mäkelän ohjasi vuonna 2014 ensi-iltaan tulleen elokuvan Kummeli V, joka oli koomikkoryhmä Kummelin viides elokuva.