Air Moldova perustettiin vuonna 1993 paikallisen Aeroflotin laivueen tilalle.[3] Yhtiö oli kokonaan valtion omistama.
Air Moldova lopetti kaiken lentotoimintansa keväällä 2023 taloudellisten ongelmien vuoksi. Yhtiön lentotoimintalupa jäädytettiin syksyllä 2023 ja peruttiin kokonaan vuonna 2024. Lakkautushetkellä yhtiön laivastoon kuului kolme Airbus A320 -sarjan lentokonetta.[4][2]