Agía Pelagía sijaitsee Kreetan pohjoisrannikolla noin 20 kilometriä länteen saaren pääkaupungista Iraklionista.[2][3] Antiikin aikana kylän paikalla sijaitsi Apellonian eli Apollonian kaupunki.[4] Nykyinen kylä on kehittynyt turismikyläksi 1960-luvulta lähtien, ja siellä on useita hotelleja. Alueella on rantoja ja lukuisia pieniä poukamia.[2][3]