Painanne on syntynyt maapallon kivikehän kolmen laatan reunakohtaan. Aiemmin toisistaan irtautuneiden Arabian ja Afrikan laattojen lisäksi sen syntyyn on vaikuttanut Afrikan laatasta erkanevan Itä-Afrikan liike. Afarin syvänkö muodostaa Itä-Afrikan hautavajoaman pohjoisen alkukohdan.
Afarin syvängössä sijaitsee Afrikan mantereen matalin kohta: Assaljärvi (-155 metriä). Alue on yksi maailman lämpimimpiä seutuja ympäri vuoden, sillä alueen lämpötila vaihtelee sadekauden 25 °C:n ja kuivan kauden 48 °C:n välillä.