Ndayishimiye oli edeltäjänsä, maata 15 vuotta hallineen Pierre Nkurunzizan suosikki presidentin virkaan. Hän lupasi muuttaa burundilaista yhteiskuntaa vapaammaksi ja tasa-arvoisemmaksi, ja lehdistö ja oppositio ovat suhtautuneet edistykseen varovaisen toiveikkaasti. Hän pyrkii myös lisäämään kansainvälistä yhteistyötä. Kuitenkin monet Nkurunzizan kauden vaikuttajat ovat saaneet pitää asemansa myös Ndayishimiyen kaudella.[2]
Toisin kuin edeltäjänsä, Ndayishimiye suhtautui koronapandemiaan vakavasti ja nimesi COVID-19-viruksen kansalliseksi vaaratekijäksi heti valtaan noustuaan heinäkuussa 2020. Ensimmäiset rokotukset jaettiin kuitenkin vasta lokakuussa 2021 kiinalaisten lahjoittamilla rokotteilla. Burundi oli Afrikan toiseksi viimeinen maa joka aloitti koronarokotukset.[3][4]