SYBR Green

SYBR Green
Formula kimikoaC32H37N4S⁺
SMILES kanonikoa[N+(C2=CC=CC=C2C(=C1)C=C3N(C4=CC=CC=C4S3)C)C5=CC=CC=C5&zoom=2.0&annotate=none 2D eredua]
MolView[N+(C2=CC=CC=C2C(=C1)C=C3N(C4=CC=CC=C4S3)C)C5=CC=CC=C5 3D eredua]
Motakonposatu kimiko
Masa molekularra509,27334460409 Da
Erabilera
Rolafluorophore (en) Itzuli
Identifikatzaileak
InChlKeyCGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N
CAS zenbakia178918-96-2
ChemSpider8611764
PubChem10436340, 66577035 eta 57448928
Reaxys9883000
Gmelin51461
ChEMBLCHEMBL1198924
MeSHC098022
SYBR Green

SYBR Green (SG) zianina asimetrikoen[1] taldeko konposatu organiko fluoruroa da (formula kimikoa: C32H37N4S+[2]), biologia molekularrean oso erabilia azido nukleikoen markaketarako.

Molekula hau edozein harizpi bikoitzeko DNA molekulara itsasten da inespezifikoki, baina ez da agente tartekatzaile bat; izan ere, ez da bi base pareren tartean txertatzen. Hala ere, harizpi bakarreko DNA molekuletara zein RNAra ere lotu daiteke errendimendu baxuagoarekin.

SYBR Green molekula DNA helize bikoitzaren bigarren mailako egituran sartu eta DNAren azido nukleikoei energetikoki akopatzen da, igorpen fluoreszentearen tasa nabarmen igoz. Fenomeno honi fluoreszentzia-erresonantzia bidezko energia-transferentzia[3] deritzo (FRET, ingelesezko siglak). Akoplazioaren ondorioz sortzen den DNA-tindatzaile konplexuak argi urdina xurgatzen du (λmax = 498 nm) eta argi berdea emititu (λmax = 520 nm).

Erabilerak

SYBR Green-a biokimika eta biologia molekularraren hainbat arlotan erabili ohi da. Orokorrean tindatzaile gisa erabiltzen da, PCR kuantitatiboko metodo askotan kate bikoitzeko DNA kuantifikatzeko[4] edo agarosa-gelen elektroforesian DNA bistaratzeko.

Azido nukleiko puruak markatzeaz gain, SYBR Green molekula DNAren etiketetan zelulen barruko fluxu zitometriarako eta fluoreszentzia mikroskopiarako ere erabil daiteke.

SYBR Green eta PCR kuantitatiboa

Lagin nukleotidiko bati SYBR Green molekula gehitzean, berehala laginean dagoen kate bikoitzeko DNA guztiari lotzen da. PCR kuantitatiboan DNA polimerasak itu sekuentzia anplifikatzen du, PCR produktuak sortuz; beraz, SYBR Green-a kate bikoitzeko DNA kopia berri bakoitzarekin lotzen da[5].  PCRa amaitzean, termozikladorean dagoen sentsoreak 522 nm-tan irakurriko du emititutako argia. Anplifikazioaren ondorioz, fluoreszentziaren intentsitatea handitzen da eta intentsitate hau PCR produktuaren kantitatearekiko proportzionala da. Horrela, hasierako DNA kopurua kuantifika daiteke.

SYBR Green eta elektroforesia

Elektroforesi teknikan SYBR Green-a etidio-bromuroaren tindaketa alternatibotzat erabiltzen da, azken hau baino 100 aldiz sentikorragoa eta osasunerako egokiagoa delako.

Abantailak eta desabantailak

Fluoroforo honen abantaila nagusienetariko bat oso merkea dela da. Bestalde, oso inespezifikoa ere bada. SYBR Green-a edozein kate bikoitzeko azido nukleikora lotzen denez, erreakzioan hasleak elkarren artean elkartuko balira, fluoruroa haiei ere lotuko litzaieke, ez PCRaren produktuei soilik; ondorioz, DNAren kuantifikazioa ez da zehatza izango.

Segurtasuna

SYBR Green-a etidio-bromuroaren ordezko tindatzaile gisa erabiltzen da; etidio bromuroa giza-mutageno potentziala delako[6]. Hala ere, DNArekin afinitate handiarekin lotzen den edozein molekula txiki kartzinogeno posibletzat hartzen da, SYBR Green barne.

Erreferentziak

  1. ↑ (Ingelesez) Zipper, H.. (2004-07-07). «Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications» Nucleic Acids Research 32 (12): e103–e103.  doi:10.1093/nar/gnh101. ISSN 1362-4962. PMID 15249599. PMC PMC484200. (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).
  2. ↑ (Ingelesez) PubChem. «Sybr green I» pubchem.ncbi.nlm.nih.gov (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).
  3. ↑ (Ingelesez) Dragan, A. I.; Pavlovic, R.; McGivney, J. B.; Casas-Finet, J. R.; Bishop, E. S.; Strouse, R. J.; Schenerman, M. A.; Geddes, C. D.. (2012-07-01). «SYBR Green I: Fluorescence Properties and Interaction with DNA» Journal of Fluorescence 22 (4): 1189–1199.  doi:10.1007/s10895-012-1059-8. ISSN 1573-4994. (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).
  4. ↑ Mackay, I. M.. (2002-03-15). «Real-time PCR in virology» Nucleic Acids Research 30 (6): 1292–1305.  doi:10.1093/nar/30.6.1292. PMID 11884626. PMC PMC101343. (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).
  5. ↑ (Ingelesez) Thornton, Brenda; Basu, Chhandak. (2011-03). «Real-time PCR (qPCR) primer design using free online software» Biochemistry and Molecular Biology Education 39 (2): 145–154.  doi:10.1002/bmb.20461. (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).
  6. ↑ (Ingelesez) Singer, Victoria L; Lawlor, Timothy E; Yue, Stephen. (1999-02). «Comparison of SYBR® Green I nucleic acid gel stain mutagenicity and ethidium bromide mutagenicity in the Salmonella/mammalian microsome reverse mutation assay (Ames test)» Mutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis 439 (1): 37–47.  doi:10.1016/S1383-5718(98)00172-7. (Noiz kontsultatua: 2022-04-01).

Kanpo estekak