Mafra izenaren jatorria ez da batere zehatza, baina arabiarren Mahfara hitzetik etor liteke, zeinak "harrobia" esan nahi duen.
Historia
Indusketa arkeologikoek erakutsi dute Neolito garaian populatu zela Mafra ingurua, baina paleolito eta mesolito garaietako aztarna batzuk ere badaude, k.a. 7000 urtekoak.
K.o. I eta IV mendeen artean erromatarrak egon ziren bertan, Sintra eta Peniche arteko errepidean kokaturik baitzegoen. Nekazaritza eremu garrantzitsua bihurtu zen, batez ere ardoa, olioa eta barazkiak ekoizten ziren bertan. V mendean bisigodoak iritsi ziren eta 711 urtean mairuek konkistatu zuten. lau mendetan arabiarrak egon baziren ere, beren aztarna handirik ez da kontserbatzen.
1147an Afonso Henriquesek konkistatu zuen Mafra. 1189an Silveseko apezpikuaren menpe gelditu zen eta hiri gutuna jaso zuen. Dena dela herri txikia izaten jarraitu zuen, 1527ko erroldan 191 biztanle baino ez zituen. Manuel I.aren erregealdian hainbat eliza eraiki ziren eta herria pixka bat handitu zen.
1717an Joanes V.akMafrako jauregi nazionala eraikitzeari ekin zion izan ere bertan ezarri baitzuen erregearen ehiza eremua, Tapada de Mafra izenekoa. Mafrak biztanle gutxiko lurraldea izaten jarraitu zuen harik eta XIX mendean hiria jauregiaren inguruan eratzen hasi zen arte. Maria II.ak militar konpainiak ezarri zituen Mafrako komentuan eta 1859rako 4.000 soldadu baziren bertan. 1870an komentua Real Colégio Militar bihurtu zen.
1910ko iraultzaren ondoren Errepublika ezarri zen eta Manuel II.a erregeak bertan hartu zuen babesa. Hurrengo egunean Gibraltarrera egin zuen alde.