1984an El Salvadorko lehendakari aukeratu zuten, Alderdi Kristau Demokratak bultzatuta eta armadaren laguntzaz. Haren agintaldian Nazio Askapenerako Farabundo Martí Frontea (FMLN) gerrillaren aurkako borroka indartu zen, eta Estatu Batuetan prestaturiko nekazaritzaren erreforma bat gauzatzen saiatu zen. Neurri horiek ez zuten emaitza onik izan: gerrillaren aurkako gerran, Estatu Batuek lagunduriko El Salvadorko armadak ez zuen inolako garaipenik lortu; herritarren artean milaka lagun hil eta erbesteratu behar izan zuten, eta bertako oligarkiak ezezko biribila eman zien Duarteren gobernuak proposaturiko berrikuntza txikiei. 1984an hasi zen gerrillarekin hitz egin nahian, baina politika ezertan ere aldatu gabe. Ondoko lehendakariak, eskuin-muturreko ARENA alderdiko Alfredo Cristianik, gerrillarekin negoziatu behar izan zuen, Duarteren bide beretik hasi bazen ere (1991ko Abenduko Bakea).
