Historia naturalaren museoa edo natura-zientzien museoa historia naturaleko bildumak dituen erakunde zientifiko bat da, natura-munduaren erreferente gisa balio dutenak, batez ere komunitate zientifikoarentzat (ale tipoz hornituz) baina baita publiko orokorrarentzat ere ezagutzaren dibulgaziorako tresna gisa. Historia naturalaren museo baten bildumek animalien, landareen, onddoen, ekosistemenen, geologiaren, paleontologiaren, klimatologiaren eta askoz gehiagoren egungo erregistroak eta erregistro historikoak biltzen dituzte.

Historia naturalaren museo baten eginkizun nagusia komunitate zientifikoari ale eta laginak ematea da, egungoak zein historikoak, bere ikerketa eta esperimentuetarako, mundu naturalaren ulermena hobetzeko helburuarekin. Zenbait museok erakusketa publikoak dituzte mundu naturalaren edertasuna eta miraria publiko orokorrarekin partekatzeko. Museo horiei museo publiko deitzen zaie. Batzuek beren bilduma nagusiez gain historia ez-naturalaren bildumak dituzte, hala nola, historiarekin, artearekin eta zientziarekin lotutako objektuen bildumak.