Taldea 1960an sortu zen Banga Kaunas izenarekin. Lehenengo tituluak 80. hamarkadan iritsi ziren, 1986 eta 1989ko Lituaniako ligak, baina Sobietar futbol sistemako eskualdeko maila baino ez zen. 1993an izena aldatu zuen eta Žalgiris Kaunas bezala irabazi zuen 1999ko Liga. Hurrengo urtean gaur egungo FBK Kaunas hartu zuen eta hamarkadako talde lituaniar arrakastatsuena izan da beste 7 liga eta lau kopa eskuratu baititu.
2008 bukatzean zigor administratiboa izan zuen eta 3. mailara jeitsiarazi zuten, amateur mailara hain zuzen ere. 2012an taldea desegin eta berria sortu zen.
Palmaresa
Lituanian: 15
Liga (8): 1999, 2000, 2001, 2002, 2003, 2004, 2006, 2007.