Ta liitus Real Betise noorteakadeemiaga 1997. aastal. Klubi põhimeeskonnas debüteeris ta 2000. aastal Hispaanias esiliigas. Alates hooajast 2001–02 mängis ta klubiga Hispaania kõrgliigas. Hooajal 2001–02 pälvis Joaquín Hispaania kõrgliiga hooaja läbimurdja auhinna. 2005. aastal võitis ta Real Betisega Hispaania karika.
Aastatel 2006–2011 mängis Joaquín Hispaania kõrgliigas Valencia ja aastatel 2011–2013 Málaga ridades. 2008. aastal võitis ta Valenciaga oma teise Hispaania karika. Aastatel 2013–2015 mängis ta kaks hooaega Itaalia kõrgliiga klubis Fiorentina.
2015. aasta augustis naasis Joaquín Real Betisesse.
8. detsembril 2019 tegi ta liigamängus Athletic Bilbao vastu 18 minutiga kübaratriki. See oli tema karjääri esimene kübaratrikk ning 38 aasta ja 140 päeva vanuselt sai ta vanimaks mängijaks, kes on Hispaania kõrgliigas kübaratriki teinud, ületades 1964. aastast Alfredo Di Stéfanole kuulunud rekordi.
2020. aasta juulis sai Joaquín teiseks Hispaania kõrgliigas enim mänge pidanud mängijaks.[1] 18. oktbooril 2021 sai Joaquín kõige vanemaks mängijaks, kes on 21. sajandil Hispaania kõrgliigas väravasöödu andnud.[2]