Linna varasemad nimed olid Puerto de Menestheo, Alcanate või Alcanatif ja Puerto de las Salinas. Aastal 1260 vallutas linna araablastelt Alfonso X ja nimetas Santa María del Puertoks.
Tänapäevast nime kannab linn aastast 1500, sest linn oli kodusadamaks Christoph Kolumbuse laevale "Santa Maria".