1994. aastal valiti ta Eesti Teaduste Akadeemia liikmeks täppisteaduste alal. Ta kuulub akadeemia astronoomia ja füüsika osakonda ning oli aastatel 2009–2019 sama osakonna juhataja.[5]
Alates 1992. aasta juulist kuni 1995. aasta novembrini oli ta Tartu Ülikooli esimene prorektor. Septembrist kuni 1995. aasta novembrini oli ta Tartu Ülikooli eksperimentaalfüüsika ja tehnoloogia instituudi juhataja kohusetäitja, 1997. aasta septembrist kuni 1998. aasta maini juhataja.[viide?]
1995. aasta novembrist kuni 1996. aasta jaanuarini oli Jaak Aaviksoo Tiit Vähi kolmandas valitsuses kultuuri- ja haridusminister ning pärast kultuuri- ja haridusministeeriumite lahutamist 1996. aasta jaanuarist kuni 1996. aasta novembrini haridusminister.[viide?]
1998. aasta kevadel valiti ta Tartu Ülikooli rektoriks[1], 2003. aastal ka teiseks ametiajaks. 11. septembril2006 teatas ta, et soovib rektori ametist loobuda ning asuda uuesti poliitikasse Isamaa ja Res Publica Liidus[1][6]. 1. veebruaril2007 vabastas vabariigi valitsus Aaviksoo rektori ametist tema enda soovil seoses siirdumisega poliitikasse ning astumisega Isamaa ja Res Publica liikmeks.[7]31. mail valiti tema asemele rektoriks senine Maaülikooli rektor Alar Karis[8]. Jaak Aaviksoo valiti XI Riigikogusse.
Andrus Ansipi teises valitsuses oli ta kaitseminister. Ta pidas oma pakilisimateks ülesanneteks pronkssõduri probleemi lahendamist ja kaitseväge reguleerivate seaduste korrastamist. Olulisteks probleemideks pidas ta Eesti ühiskonna nõrka kaitsetahet, pingeid ohvitseride ja sõjaväe tsiviiljuhtide vahel ning Eesti ebapiisavat usaldusväärsust sõjaliste välispartnerite jaoks.[viide?] Aaviksoo pooldas pronkssõduri võimalikult kiiret teisaldamist[9]. Sellepärast kirjutasid 12 Eesti ülikoolide professorit talle niinimetatud professorite kirja kaitseministrile, milles juhtisid tähelepanu skulptuuri teisaldamisega seotud ohtudele[10].
2015. aastal kandideeris Aaviksoo Tallinna Tehnikaülikooli rektoriks.[13] Tema kandidatuur tekitas vastuseisu üliõpilaste ja töötajate seas, kelle sõnul vastanduvat Aaviksoo kandideerimisaegsed väljaütlemised varasematega, näiteks Tartu Ülikool rektorina öeldud väitega, et Eestisse mahub vaid üks ülikool. Samuti on ta kritiseerinud haridusreformi, mille kriitikute hinnangul ise varem haridusministrina läbi surus.[14] Aaviksoo erakonnakaaslane Ene Ergma meenutas seda, kuidas Ergma kandideerimist TÜ rektoriks 2006. aastal kommenteeris Aaviksoo väitega, et ülikooli tuleviku seisukohalt on põhimõttelise tähendusega rektori poliitiline sõltumatus. Ergma hinnangul on Aaviksoo kandideerimine TTÜs selle seisukohaga vastuolus.[15] Protsessi käigus kuratooriumist eemaldatud Heiti Hääl soovitas uutel kuratooriumiliikmetel Jaak Aaviksood rektori ametisse mitte kinnitada ning korraldada uus konkurss, öeldes põhjenduseks: "Meie ülikooli rektori amet ei saa olla läbikäiguhoov poliitiku CV täiendamiseks või avariilennuväli poliitikast väljumisel." Hääle hinnangul põhjustasid segase valimisprotsessi Aaviksood toetav poliitiline surve ning ärihuvid: "Eesmärke on aga rohkem kui üks, kuna TTÜ on lisaks õppe- ja teadustöö kantsile ka Eesti Vabariigis oluline kinnisvaraarendaja ning -haldaja."[16] Päevalehes avaldatud dokumentide kohaselt pälvis Aaviksoo kevadel koostatud dekaanide hinnangute tabelis seitsmest kategooriast neljas hindeks "nõrk" või "väga nõrk" ning teenis kokku 18 punkti, jäädes sellega alla kõigile konkurentidele (Mart Ustav 32 punkti, Jakob Kübarsepp 24 ja Andrus Salupere 19). Ka TTÜ nõukogu hääletusel jäi Aaviksoo viimaseks (Kübarsepp 34, Salupere 30, Ustav 27 ja Aaviksoo 23 poolthäält). Kuratoorium ignoreeris nõukogu hääletustulemust ja tõstis Jaak Aaviksoo pingereas esimeseks. Kandideerimisprotsess leidis laia vastukaja ajakirjanduses, pärast mitme liikme väljavahetamist kinnitas TTÜ kuratoorium Aaviksoo 30. juulil lõpus siiski ametisse.[17]Äripäeva arvamustoimetaja Vilja Kiisleri hinnangul oli endise IRL-i poliitiku kinnitamine avalikku, riigi seisukohalt olulisse ametisse (analoogselt samal ajal toimunud Liisa Pakosta valimisega võrdõigusvolinikuks) vägagi kaheldava väärtusega.[18]
Aaviksoo hinnangul jääb Euroopa tsivilisatsioon elujõuliseks ainult siis, "kui me ei jätka sinisilmselt ohumärkide eiramist ega alluta end vägisi pealesunnitud piiritu tolerantsuse, printsiibitu paljukultuurilisuse ja läänekristlike (usu)traditsioonide mahasalgamise nõudele. [...] Meie tsivilisatsioon saab kesta vaid siis, kui meil jätkub eneseusku ja meelekindlust oma traditsioone edasi kanda ning oma väärtusi kaitsta. Kui vaja, siis lõpuni." [19]
Hinnangud tegevusele ja isikule
Jaak Aaviksoo juhtimisstiili on peetud autoritaarseks. Ta ise on öelnud: "Ma olen kõikidel ametipostidel püüdnud ajada läbipaistvat, argumentidele tuginevat ja ausat poliitikat."[20] "Tehnikaülikool vajab tänasel päeval otsusekindlat juhti, kes saaks aru tehnikaülikooli toimimisest ja kohast tänases Eesti ühiskonnas ning suudaks ellu viia vajadusel radikaalseid muudatusi. Ma olen täiesti kindel, et Jaak Aaviksoo on kindla käega juht, kes saab ülikooli juhtimisega hästi hakkama," on iseloomustanud Aaviksood Tallinna Tehnikaülikooli kuratooriumi uus juht Gunnar Okk.[17]
Teadustöö
Teadustöös on Jaak Aaviksoo tegutsenud optika ja spektroskoopia alal. Peasuundadeks lisanditsentrite resonantse sekundaarkiirguse uurimine, pikosekundlahutusega fotoluminestsentsi uurimismetoodika väljatöötamine, molekulaarkristallide pikosekundlahutusega spektroskoopia alased tööd ja polaritonluminestsentsi kineetilise mudeli väljatöötamine, optiliste prekursorite ja resonantsete peegeldusosakeste eksperimentaalne detekteerimine, kuumade elektronide relaksatsiooni eksitonmehhanismi selgitamine pooljuhtides ning valgusergastuse dünaamika pooljuhtkristallides.[2][21]
Teaduspublikatsioone
Aastatel 1976–2004 on temalt ilmunud üle 150 teadusartikli ja üle 200 publitsistliku artikli.[21]
Reimand, I., Aaviksoo, J. Exciton interaction with hot electrons in GaAs. – Technical digest of X International Conference on Ultrafast Phenomena in Spectroscopy. Tartu, 1997, p. 82;
Aaviksoo, J. Estonian physicist: Active and productive. Science, 1997, vol. 275, no 5299, p. 463
Aaviksoo, J. Priorities for Higher Education in Central and Eastern European Countries. Higher Education Management, 1997, vol. 9, no. 2, p. 19;
Aaviksoo on olnud edukas korvpallur. Ta on treeninud ja võistelnud August Soku, Arne Laose ja Ernst Ehaveeru juhendamisel. Ta on tulnud kahel korral Eesti meistriks (1972, 1973).[3] Ta on maailma pikakasvulisemaid kõrgkoolirektoreid (198 cm).[27]
↑"Arhiivikoopia". Originaali arhiivikoopia seisuga 3. detsember 2013. Vaadatud 28. novembril 2013.{{netiviide}}: CS1 hooldus: arhiivikoopia kasutusel pealkirjana (link)
↑ 21,021,1Margus Maidla. Akadeemik Jaak Aaviksoo - vägilasekasvu kiisuülikoolide vastu võitleja. - Teaduste Akadeemia - Eesti kollektiivne aju. Tallinn, 2014, lk 357-364.
↑Eesti riiklike teenetemärkide kavaleride andmebaas presidendi kantselei kodulehel (president.ee).
↑Eesti riiklike teenetemärkide kavaleride andmebaas presidendi kantselei kodulehel (president.ee).