Jürgen Ligist sai Eesti rahandusminister 2009. aasta juunis.[5] Rahvusvaheline majandusväljaanne Emerging Markets nimetas Jürgen Ligi areneva Euroopa 2010. aasta parimaks rahandusministriks.[6]
Rahandusministrina juhatas Jürgen Ligi valitsuskomisjoni rahapesu ja terrorismi rahastamise tõkestamist puudutavate küsimuste lahendamise koordineerimiseks. Selle komisjoni protokollid näitavad, et komisjoni esimehena osales Ligi 18 koosolekust vaid kahel. Hiljem on selgunud, et Danske Eesti üksusest liikus perioodil 2007–2015 läbi enam kui 200 miljardit eurot hämarat raha[viide?].
2011. aastal kandideeris ta Eesti Panga presidendi ametikohale.[7]
22. oktoobril 2014 avaldas Jürgen Ligi Facebookis postituse, milles nimetas sotsiaaldemokraadist haridus- ja teadusministrit Jevgeni Ossinovskit "sisserändaja pojaks roosast erakonnast".[11][12] Seda kritiseerisid teravalt paljud poliitikud ja avaliku elu tegelased. Järgmisel päeval Ligi vabandas ja hiljem kustutas ka oma furoori tekitanud postituse.[12] Avalikkuse ette toodi ka see, et Ossinovski oli varem nimetanud Ligit "ebaadekvaatseks Napoleoni kompleksiga teismeliseks tatikaks, kes pole küps olema minister".[13] 26. oktoobril 2014 esitas Jürgen Ligi seoses oma postitusega peaminister Taavi Rõivasele palve rahandusministri kohalt tagasiastumiseks. Peaminister Rõivas teatas, et Ligi tagasiastumispalve presidendile esitamisega ta ei kiirusta.[14] 3. novembril lahkus Ligi ametist.[15]
Haridus- ja teadusminister
8. aprillist 2015 kuni 12. aprillini[viide?] 2016 oli Jürgen Ligi Taavi Rõivase teises valitsuses haridus- ja teadusminister.[16]
Töökäik
Plaaniinstituut, ökonomist 1982–1989
Saaremaa ATK, peaspetsialist 1989
Kaubandus-Tööstuskoja Saaremaa osakonna juhataja 1989–1990