Stalinistlike arveteõienduste käigus süüdistati teda väikekodanlikus natsionalismis. 1951. aastal Husák arreteeriti ning mõisteti 1954. aastal eluks ajaks vangi. 1960. aastal vabastati ta amnestiaga, ning 1963. aastal rehabiliteeriti täielikult ning tema liikmesus kommunistlikus parteis taastati.[3]
1968. aasta aprillist augustini oli ta Tšehhoslovakkia Ministrite Nõukogu esimehe asetäitja. 1960. aastatel oli Husák reformimeelne ning kritiseeris Tšehhoslovakkia neostalinistlikku ja vanameelset juhtkonda. 1968. aasta augustis Nõukogude Liidu juhtkonnaga toimunud läbirääkimiste käigus muutis Husák aga pragmaatiliselt oma seisukohti ning asus toetama Brežnevit. Praha kevade mahasurumise järel mängis Husák olulist rolli "normaliseerumisprotsessis". 1968–1969 oli ta Slovakkia Kommunistliku Partei Keskkomitee esimene sekretär, 1969–1971 Tšehhoslovakkia Kommunistliku Partei Keskkomitee esimene sekretär ja 1971–1987 peasekretär. Lisaks selle oli ta 1971–1988Tšehhoslovakkia Rahvusrinde esimees ning 29. maist1975 kuni 10. detsembrini1989 Tšehhoslovakkia president.[4]
Pärast Sametrevolutsiooni toimumist nimetas ta 10. detsembril 1989 ametisse Marián Čalfa mittekommunistliku valitsuse ning astus samal päeval presidendiametist tagasi.[5]1990. aasta veebruaris heideti ta kommunistlikust parteist välja. Gustáv Husák suri unustatuna Bratislavas 1991. aasta novembris.