Aastatel 2002–2007 töötas Heinaru Tartu Ülikooli teadusprorektorina ning 2009. aastast oli ta Kaitseväe Ühendatud Õppeasutuste teadus- ja arendusnõunik.
Teadustöö
Professor Ain Heinaru on oma tööga aluse pannud biodegradatiivsete plasmiidide uurimise suunale Eestis ning kasvatanud sellega tegeleva uue teadlaste põlvkonna. Ta saavutas edu teadustulemuste rakendamisel keskkonnasaaste vähendamiseks.[1] Üks tema hilisemaid projekte oli bakteritekeskkonnastressiga kohastumise molekulaarsete mehhanismide uurimine.
Ain Heinaru koostas esimese eestikeelse üldgeneetika õpiku "Geneetika", mis sisaldab eestikeelset geneetikasõnastikku, mis on leitav ka veebilehelt geneetika.ee ja Androidi rakendusest GenDi. 2020. aastal ilmus Ain Heinaru ja Sulev Kuuse täiendatud eesti-inglise-eesti geneetikasõnastik.