En 1903 participó en las conspiraciones que condujeron a la separación de Panamá de Colombia, que hasta entonces había sido un departamento de Colombia. Arias fue miembro de la Junta Provisional que actuó como jefe de Estado entre el 4 de noviembre de 1903 y el 20 de febrero de 1904, también fue el presidente de la Asamblea Nacional de Panamá, ministro de Panamá en México y cónsul de Panamá.
Estuvo encargado en la reducción del ejército, comunicando al general Esteban Huertas que a partir del 1 de abril de 1904, el ejército nacional quedaría reducido a 250 unidades y que el resto del personal debía licenciarse.[2]
Muerte
Tomás Arias falleció el 20 de julio de 1932, a los 76 años, su mausoleo se encuentra ubicado en el Cementerio Amador.[1]