Nace en La Huerta del Zújar en el término de Granja de Torrehermosa, provincia de Badajoz, en la conjunción de varios arroyos y una fuente de agua continua en la cual había ubicado una antiguo pozo y una antigua casa de labranza hoy caída y casi inexistente. Aunque según otras fuentes, nace al pie del cerro de la Calaveruela, en el término municipal de Fuente Obejuna, provincia de Córdoba.[2]
Con una pluviometría irregular, el río Zújar está regulado por dos embalses. En 1964 se construyó el embalse llamado del Zújar, dentro del Plan Badajoz que dotó a la cuenca del río Guadiana con abundantes recursos para su aprovechamiento en riegos y producción de energía eléctrica. Más de veinte años después, cortando la cola del embalse construido; es decir, aguas arriba, se inició en 1986 un nuevo embalse sobre el río Zújar. Las obras terminaron en 1990. Este nuevo pantano, llamado embalse de La Serena es el mayor embalse de España, y es uno de los mayores de Europa, convirtiendo los pastizales de las márgenes del Zújar en un gran mar interior de hasta 13 000 ha.
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