Enviudó en 1497 y pasó un tiempo en Italia, donde conoció la arquitectura renacentista.
A su vuelta a España se volvió a casar con María de Fonseca y Toledo, saltándose la prohibición expresa de la reina Isabel, por lo que estuvo en prisión hasta la muerte de la reina. Su primera hija, Mencía de Mendoza, fue una mujer de gran cultura y sensibilidad.
Edificó para ella el bello Castillo de La Calahorra, en Granada, obra de Lorenzo Vázquez. En La Calahorra contrató en su primer momento de construcción a maestros moros zaragozanos —Ybraym Monferriz y Mahoma de Brea—, encargados de la construcción del patio, los aposentos y el resto de construcciones palaciegas de estilo mudéjar, si bien luego la obra no se ejecutó.[4] La presencia de Cenete en Italia hizo que llegasen a La Calahorra el genovés Michele Carlone y otros artistas que por fin se encargaron del patio, la escalera y algunas portadas, aportándoles el estilo del nuevo Renacimiento.[5]
Se trasladó definitivamente a Valencia, cuando su hermano fue nombrado Virrey. Participó política y militarmente contra la revuelta de las Germanías, mostrando grandes dotes diplomáticas, que le permitieron, continuar en Valencia, después de la derrota inicial de su hermano. Fue asesinado al finalizar el conflicto durante una disputa[6] por causas inciertas en Valencia, donde fue enterrado en el Convento de Santo Domingo.
Descendencia
De la unión de Rodrigo con su primera esposa Leonor de la Cerda nacieron:
↑Morte García, Carmen. «Pedro de Aponte en Bolea. Y una noticia de la Calahorra (Granada)», Boletín del Museo e Instituto Camón Aznar, LXVII. Zaragoza, 1977, pp. 95-112.
↑Zamala Rodríguez, Miguel A., El Palacio de la Calahora. Granada, Caja de Ahorros La General, 1990.
Nader, Helen (1985). Los Mendoza y el Renacimiento español. Instituto Provincial de Cultura «Marqués de Santillana», Excma. Diputación de Guadalajara, Guadalajara. ISBN 84-505-3156-X.
Zalama Rodríguez, Miguel A., El Palacio de la Calahora. Granada, Caja de Ahorros La General, 1990.