Los islotes de Montaña Clara y los Roques del Este y del Oeste están incluidos desde 1983 en el Plan de Protección y Catalogación de Espacios Naturales de Lanzarote, que en 1986 obtuvo la declaración de parque natural de Los Islotes del norte de Lanzarote y de los riscos de Famara, renombrado en 1994 como Parque Natural del Archipiélago Chinijo donde sigue incluida la reserva. Es en ese mismo año cuando se contempla por primera vez la figura de protección específica de reserva natural integral, dadas las características particulares de estos tres islotes y en virtud de "la protección de ecosistemas, comunidades o elementos biológicos o geológicos que, por su rareza, fragilidad, representatividad, importancia o singularidad merecen una valoración especial."[1]
Además de estas dos figuras de protección los islotes se encuentran dentro de la Reserva Marina de Interés Pesquero de la isla de La Graciosa e islotes del Norte de Lanzarote, desde 1995. Asimismo se incluye en una zona especial de protección para las aves (ZEPAs) desde 1979. Desde 1993 es "zonas núcleo" estrictamente protegida de la Reserva de la Biosfera de Lanzarote, como ejemplo de ecosistemas naturales mínimamente perturbados. Y finalmente, la zona es el lugar de importancia comunitaria de Los Islotes (epígrafe ES7010044).[1]
Naturaleza
Los tres islotes representan una muestra bien conservada de la geología insular, destacando las estructuras de tipo hidromagmático, que conforman un paisaje natural de gran belleza y singularidad y contiene yacimientos paleontológicos de gran interés científico.[1]
Por otro lado alberga unos 100 taxones de invertebrados terrestres, siendo de especial importancia el endemismo Campyloneuropsis fulva, una chinche presente exclusivamente en el Roque del Este.[1]