En 1999, saltó a la fama con Boys Don't Cry, en la que se mete en la piel de un joven homófobo. La repercusión del filme —en buena medida por el Oscar conseguido por Hilary Swank— se tradujo en un aumento de ofertas, de las que K-19: The Widowmaker fue la más conocida.
En 2003, mientras iniciaba una relación sentimental con Maggie Gyllenhaal, obtuvo el papel coprotagonista de Shattered Glass, donde da vida a Chuck, el editor de un periódico que descubre que uno de sus empleados, Stephen Glass (Hayden Christensen), se inventa las noticias. Varias asociaciones de críticos lo proclamaron el mejor actor de reparto del año a la vez que obtiuvo una candidatura a los Premios Globo de Oro. Ese año, se sumó junto a su pareja a las movilizaciones contrarias a la Guerra de Irak y la administración Bush.
Su consagración internacional tuvo lugar en 2004 con dos películas. La primera, Garden State, es una pequeña producción que resulta un canto a la vida tras la superación de experiencias traumáticas en un entorno degradado. En la segunda, Kinsey, interpreta a Clyde, un ayudante de Alfred Kinsey (Liam Neeson) que no tiene reparos en tener relaciones sexuales tanto con su profesor como con su mujer (Laura Linney), pero que no soporta que un compañero (Timothy Hutton) se acueste con su esposa. Gracias a esta denuncia de la doble moral, Saargard obtuvo varios galardones.
Los reconocimientos previos le permitieron ser el compañero de reparto de Jodie Foster y Kate Hudson, respectivamente, en Flightplan y The Skeleton Key, cuyos rodajes compaginó con películas más modestas en presupuesto con el único reclamo comercial de la participación de intérpretes como Campbell Scott y Patricia Clarkson.
Finalizados estos rodajes, Saargard participó en Jarhead, del director Sam Mendes, junto a su amigo y hermano de su novia Jake Gyllenhaal. En la película, ambientada en la Guerra del Golfo, interpreta a Troy, un delincuente que borra sus antecedentes para intentar iniciar una vida en el ejército.
En 2009, coprotagonizó la película de terror La huérfana, en la que un joven matrimonio devastado por la pérdida de su hijo decide adoptar una niña. Ese mismo año se casó con Maggie Gyllenhall.
