Entre 1960 y 1968 fue director del Bakteriologischen Instituts der Süddeutschen Versuchs- und Forschungsanstalt für Milchwirtschaft de la Universidad técnica de Múnich.
Posteriormente Kandler se dedicó a la investigación de los daños a los bosques.
Obras
Archaebakterien und Phylogenie. Opladen: Westdt. Verl., 1986 (Rheinisch-Westfälische Akademie der Wissenschaften: N; 343) ISBN 3-531-08343-0
C. R. Woese, O. Kandler & M. L. Wheelis 1990. Towards a natural system of organisms: Proposal of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. USA87: 4576-4579
Referencias
Otto Kandler (ed.) "Archaebacteria" Gustav Fischer Verlag, pp. 366, Stuttgart-New York, 1982.